Les entreprises innovantes peuvent également bénéficier du soutien de leurs régions. Ces dernières proposent souvent des programmes de soutien aux projets innovants via des subventions ou des avances remboursables. Elles sont également en charge de la gestion de certains fonds européens. Le Programme d’Investissement d’Avenir (PIA 4) est également géré au niveau régional.

Certains fonds sont spécialisés dans des types de projets de recherche précis. Par exemple, le dispositif RAPID, géré par l'AID, soutient les innovations ayant des applications à la fois civiles et militaires.

Enfin, les subventions européennes de la commission, organisées par appels à projets, ciblent certains secteurs de manière très précise. Les projets doivent être collaboratifs, portés par un consortium, et concerner des entreprises de nationalités différentes. La participation d’établissements publics de recherche est également privilégiée. Néanmoins, les dossiers sont particulièrement complexes à monter et la sélection très forte.

Pour l’entreprise, le choix des dispositifs va dépendre en premier lieu du type d’innovation concerné : s’agit-il d’un projet de « R&D » ou plutôt d’une « innovation de marché » ? La question sera ensuite de savoir si le projet est encore dans une phase de faisabilité ou s’il est dans une phase de développement classique.